Một đổi mới khác của Thông tư 49 là phương pháp lập dự toán và quản lý kinh phí theo gói công việc và mốc đánh giá. Mỗi gói công việc phải xác định mục tiêu, phạm vi, sản phẩm đầu ra, kinh phí, người hoặc tổ chức chịu trách nhiệm và thời gian thực hiện.

Dự toán của toàn nhiệm vụ được hình thành từ các gói công việc và tổng hợp theo các mốc đánh giá. Kết quả tại từng mốc là căn cứ để thanh toán, quyết toán và cấp kinh phí cho giai đoạn tiếp theo. Cơ chế này đưa việc quản lý tài chính tiến gần với quy trình phát triển công nghệ, giúp nhà khoa học không phải chạy theo quy trình thanh toán hành chính.

Theo Quỹ Nafosted, nghiên cứu công nghệ mới không thể biết trước phương án nào sẽ thành công. Do đó, với những bài toán có nhiều hướng khả thi, cơ chế mới cho phép triển khai nhiều phương án nghiên cứu độc lập, cùng hướng tới một mục tiêu.

Mỗi phương án được lập dự toán, giao kinh phí, hợp đồng, thanh toán và quyết toán riêng, đánh giá tại từng mốc để lựa chọn hướng phù hợp. "Cơ chế tạo điều kiện thử nghiệm nhiều con đường công nghệ nhưng không dàn trải nguồn lực, tăng khả năng chọn được giải pháp tốt hơn", Quỹ Nafosted cho biết.

Thông tư 49 cũng cho phép bố trí kinh phí dự phòng để nhà khoa học xử lý phát sinh trong quá trình nghiên cứu. Mức dự phòng do tổ chức chủ trì đề xuất, nhưng không quá 10% tổng dự toán kinh phí từ ngân sách nhà nước của nhiệm vụ.